Lorca và Almería

Khi bị chấn thương nặng ở đầu gối khi đang chơi cho Lorca ở mùa giải 2004-05, Emery được chủ tịch câu lạc bộ đề nghị ngồi vào vị trí huấn luyện viên còn trống và ngay lập tức đã giúp câu lạc bộ thăng hạng lên giải hạng nhì lần đầu tiên trong lịch sử [2], cùng với đó là đánh bại Málaga ở Cúp Nhà vua Tây Ban Nha. Trong mùa thứ hai của mình, mùa đầu tiên của Lorca ở giải hạng hai, đội đã kết thúc ở vị trí thứ năm với 69 điểm, chỉ năm điểm kém hơn đội xếp đầu [8]. Họ bị xuống hạng trong mùa giải sau, sau sự ra đi của huấn luyện viên.Emery sau đó chuyển đến Almería ở Segunda División [9] và giúp đội bóng thăng hạng lên La Liga năm 2007 [10]. Đội bóng xứ Andalucía đã kết thúc với vị trí thứ tám ở La Liga vào mùa 2007-08 [11]. Điều này thúc đẩy một cuộc di chuyển đến Valencia, nơi ông kế vị Ronald Koeman là huấn luyện viên [12].

Valencia

Trong mùa giải đầu tiên của mình với bầy dơi, Emery đã dẫn dắt đội bóng đến vị trí thứ sáu chung cuộc đồng nghĩa với một suất dự Europa League mùa sau mặc dù vấn đề tài chính nghiêm trọng của câu lạc bộ. Đội bóng đã vào đến vòng 1/16 trong cúp UEFA thua 3-3 trước Dynamo Kyiv, và vào tứ kết của Copa del Rey gặp Sevilla.

Trong mùa giải 2009–10, Emery giúp Valencia đứng ở vị trí thứ ba để trở lại UEFA Champions League sau hai năm. Trong mùa giải Europa League, họ thua trong trận tứ kết trước nhà vô địch năm đó Atlético Madrid và thua Deportivo với tổng tỉ số 3-4 ở cúp quốc gia; vào tháng 5 năm 2010, ông đã gia hạn hợp đồng thêm một năm nữa [13].

Mùa giải 2010-11 bắt đầu mà không có David Villa và David Silva đã được bán cho Barcelona và Manchester City. Mặc dù vậy, Emery đã thắng 5 trong 6 trận đầu tiên (một trận hòa), bắt đầu chiến dịch tại Champions League với chiến thắng 4-0 ở Thổ Nhĩ Kỳ trong trận đấu với Bursaspor [14], sau đó bị loại ở vòng 1/8 trước Schalke 04 và đồng thời cũng bị loại ở vòng 1/8 Copa del Rey bởi Villarreal. Ở giải vô địch quốc gia, đội xếp thứ ba, do đó tiếp tục được tham dự Champions League mùa sau.

Emery rời câu lạc bộ vào tháng 6 năm 2012, sau khi lặp lại vị trí của giải 2011-12.[15]

Spartak Moscow

Vào ngày 13 tháng 5 năm 2012, Leonid Fedun, chủ của đội Nga Spartak Moscow, đã công bố Emery là huấn luyện viên câu lạc bộ trong hai mùa giải sau.[16] Vào ngày 25 tháng 11, anh bị sa thải sau một loạt các kết quả tồi tệ, trận thua 1-5 trận derby trước Dynamo Moscow.[17]

Sevilla

Emery trở lại Tây Ban Nha vào ngày 14 tháng 1 năm 2013, thay thế cho Míchel ngồi vào ghế huấn luyện của Sevilla [18]. Ông giúp câu lạc bộ cán đích thứ năm ở mùa giải đầu tiên và ngày 14 tháng 5 năm 2014, câu lạc bộ đã giành chức vô địch UEFA Europa League sau khi đánh bại Benfica trên chấm phạt đền [19].

Sau khi hoàn thành mùa giải 2014-15 ở vị trí thứ năm, Emery lại giành Europa League sau khi đánh bại Dnipro Dnipropetrovsk [20], do đó đủ điều kiện tham dự Champions League mùa sau [21]. Chiến thắng đồng nghĩa với việc Sevilla đã trở thành câu lạc bộ thành công nhất trong lịch sử UEFA Cup / Europa League với bốn danh hiệu [22] và ông đã gia hạn hợp đồng thêm một năm vào ngày 5 tháng 6 năm 2015, sau khi ông nhận được sự quan tâm từ West Ham United và Napoli [23].

Mùa giải 2015-16, Sevilla đứng ở vị trí thứ bảy, đã chơi các trận chung kết của giải quốc nội với một số đội dự bị và cầu thủ trẻ sau khi đội khẳng định sự có mặt của họ trong trận chung kết Europa League.[24][25] Vào ngày 18 tháng 5 năm 2016, sau khi kết thúc hiệp 1 với tỷ số 0-1, bàn thắng của Kévin Gameiro và một cú đúp của Coke đã mang lại chiến thắng 3-1 trước Liverpool tại St Jakob-Park.[26]

Vào ngày 12 tháng 6 năm 2016, sau khi Emery bày tỏ mong muốn rời khỏi Sevilla, câu lạc bộ tuyên bố họ sẽ chia tay nhau.[27]

Paris Saint-Germain

Vào ngày 28 tháng 6 năm 2016, Emery đã ký thỏa thuận hai năm với sự lựa chọn của một phần ba để thành công Laurent Blanc tại Paris Saint-Germain.[28] Trong trận đấu đầu tiên của ông phụ trách, vào ngày 6 tháng 8, đội của ông đánh bại Lyon 4-1 ở Áo để nâng Trophée des Champions.[29]

Emery dẫn PSG tới vị trí thứ hai trong bảng xếp hạng của Champions League, sau Arsenal. Trong vòng knock-out đầu tiên họ đánh bại Barcelona 4-0 tại Parc des Princes,[30] chỉ để thua 1-6 tại Tây Ban Nha và sau đó bị loại.[31] Vào ngày 1 tháng 4, anh giành danh hiệu thứ hai tại Les Rouge-et-Bleu với chiến thắng 4-1 trước Monaco trong trận chung kết của Coupe de la Ligue.[32]

Arsenal